Primeiramente isso não é o tipo de coisa que deveria acontecer com o sistema. É provável que esse problema esteja sendo ocasionado por vírus. Para resolver esse problema dos vírus você fazer uma análise geral com um bom antí-vírus, mas eu tenho uma dica que pode te ajudar pelo menos a parar com as mensagens de confiramção do script. Não sei se vai ajudar específicamente no teu caso, mas se quiser tentar aqui vai:
1 - Vá em Iniciar\Exucecutar e digite o comando "gpedit.msc" sem as aspas.
2 - Na janela que se abrir, vá em Configuração de usuário\Modelos administrativos\Sistema e procure do lado direito da tela pelo ítem "Impedir acesso ao prompt de comandos". Ao achar clique duas vezes com o botão esquerdo do mouse em cima da opção.
3 - Agora, na janela que se abrir, marque a opção Ativar e logo abaixo onde tem escrito "Desativar o processamento do script do prompt de comando também?" deixe como Sim. Depois disso pode fechar todas as janelas que foram abertas.
OBS: Esse procedimento é feito principalmente quando se deseja impedir o acesso ao prompt de comando, mas também impedi scripts que seriam os mesmos comando utilizados no prompt de comando só que sendo executádos de outra fonte. Na maioria dos casos um bloco de notas.
Poréns:
Se você é do tipo de que costuma utilizar o promt para alguma tarefa, vai ficar indiponibilizado a menos que refaça todo o passo-a-passo e desative a opção de utilizar o prompt de comando. Em compensação se você não é do tipo que utiliza o promtp, provávelmente essa dica vai fazer com que esses scripts para de pedir confirmações.